يضمن نظام الموثق الجزائري أمن البيانات بفضل تعزيزه بقرص التخزين الاحتياطي لحفظ البيانات واسترجاعها في حالة ما إذا أصيب القرص الرئيسي بأي عطب أو خلل. كما نعتمد على نظام التشغيل الحرّ Linux الذي يوفّر حماية فائقة على مدار الساعة من الفيروسات والهجمات السيبرانية، بما في ذلك المنظمة منها.